根據(jù)2012年底統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)，上?，F(xiàn)有經(jīng)認(rèn)定備案的基督教教職人員287人，信徒22.36萬人，開放的基督教堂點(diǎn)169處。上?，F(xiàn)有基督教團(tuán)體：上海市基督教三自愛國運(yùn)動(dòng)委員會(huì)、上海市基督教教務(wù)委員會(huì)（簡稱上海市基督教兩會(huì)）。
中國基督教三自愛國運(yùn)動(dòng)委員會(huì)、中國基督教協(xié)會(huì)（簡稱基督教全國兩會(huì)）總部設(shè)在上海。
18世紀(jì)后期，歐美基督教各宗派先后成立傳教組織——差會(huì)，向海外傳教。清嘉慶二十年（1807年），第一個(gè)來華的傳教士馬禮遜為英國倫敦會(huì)所差派。清道光十一年（1831年），第一個(gè)來上海的傳教士為郭士立，他乘坐鴉片走私船三次登陸上海，窺察上海的港口、城池等情況。當(dāng)時(shí)的清政府對(duì)包括傳教士在內(nèi)的外國人的進(jìn)入，采取閉關(guān)鎖國政策。
鴉片戰(zhàn)爭后，清政府與英國簽訂《南京條約》，上海成為所指定“開放”的5個(gè)通商口岸之一，傳教大門遂被打開。清道光二十三年（1843年）英國倫敦會(huì)麥都思、雒魏林、慕維廉等人最早來到上海，他們藉助不平等條約建立教堂、開辦醫(yī)館、印刷所等，并建造住宅。他們也是基督教在上海第一個(gè)教案—青浦教案的肇事者。其后，英國圣公會(huì)、美國圣公會(huì)、美國長老會(huì)、美國浸禮會(huì)、美國監(jiān)理會(huì)等基督教各宗派先后來滬建堂傳教。鴉片戰(zhàn)爭結(jié)束不久，英、美基督教的主要派別便在上海建立了傳教的立足點(diǎn)。
19世紀(jì)后期至20世紀(jì)初，基督教原先沒有成立差會(huì)的較小的宗派也派遣傳教士來上海，內(nèi)地會(huì)、基督會(huì)、宣道會(huì)、公誼會(huì)、基督復(fù)臨安息日會(huì)等，以及基督教青年會(huì)、基督教女青年會(huì)等社會(huì)服務(wù)團(tuán)體和慈善救濟(jì)團(tuán)體也進(jìn)入上海。
第二次鴉片戰(zhàn)爭后，基督教在華傳教勢力得到發(fā)展，影響日益擴(kuò)大。在華傳教士分別于清光緒三年（1877年）、光緒十六年和光緒三十年在上海舉行了3次由各宗派代表參加的在華傳教士全國性大會(huì)，傳教差會(huì)已把上海作為對(duì)華傳教事業(yè)的基地。這一時(shí)期英美基督教差會(huì)開辦的學(xué)校、醫(yī)院、文字出版機(jī)構(gòu)等，在客觀上對(duì)中西文化交流起了一定的作用。
近代以來，上海的工業(yè)及商業(yè)迅速發(fā)展，經(jīng)過一百多年歷史，上海已成為國際大都市，而基督教的發(fā)展與上海的發(fā)展是同步的。隨著基督教傳入上海，上海的文化受到了西方文化的巨大影響。近代上海集中了一大批受過西方教育的知識(shí)分子，他們或在英、美等國留過學(xué)，或由西方傳教士在上海所辦的教會(huì)學(xué)校中受過系統(tǒng)教育，這給基督教在上海的傳播起了推動(dòng)作用，由此也造就了一批基督教界的領(lǐng)袖人物。正由于上海工商業(yè)的高度發(fā)展，文化和教育也相對(duì)發(fā)達(dá)，又有相當(dāng)多的知識(shí)分子和西方傳教士，因此，各種差會(huì)、教派均在上海設(shè)立了總部機(jī)構(gòu)，使上海成為中國基督教的中心。
在中國人民的反帝反封建運(yùn)動(dòng)影響下，光緒二十九年（1903年）初，夏粹芳、宋耀如等13人發(fā)起成立中國基督徒會(huì)，創(chuàng)辦《中國基督徒報(bào)》。光緒三十二年，上海閘北堂牧師俞國楨宣布脫離美國北長老會(huì)的管轄，成立了由中國人自辦的耶穌教自立會(huì)全國總會(huì)。全國不少地方的基督徒紛紛響應(yīng)，形成了中國基督教自立運(yùn)動(dòng)。
在此形勢下，在20世紀(jì)20年代中，幾乎所有主流派的全國組織都冠以“中華”的名稱，并推定中國教牧人員為第一負(fù)責(zé)人，以圖改變“洋教”的面貌。民國11年（1922年），西方傳教士進(jìn)一步提出教會(huì)本色化的主張，中國基督教人士為此作出了種種有益的探索。并在同年5月上海舉行的第二次基督教全國大會(huì)上正式提出本色化教會(huì)的口號(hào)。自立運(yùn)動(dòng)和本色化運(yùn)動(dòng)對(duì)提高中國基督教的民族意識(shí)起了推動(dòng)作用。
民國37年（1948年），吳耀宗在《天風(fēng)》周刊上發(fā)表了《基督教的時(shí)代悲劇》等文章，提出基督教已經(jīng)是帝國主義思想、文化侵略的工具，成了社會(huì)變革的阻力，中國教會(huì)應(yīng)該從差會(huì)的控制下擺脫出來，成為獨(dú)立自主的中國教會(huì)。
新中國成立后，在周恩來總理關(guān)懷啟發(fā)下，吳耀宗聯(lián)合基督教內(nèi)一批領(lǐng)袖，于1950年在上海發(fā)起了中國基督教三自革新運(yùn)動(dòng)。同年9月23日《人民日?qǐng)?bào)》發(fā)表了由吳耀宗等人起草的題為《中國基督教在新中國建設(shè)中努力的途徑》的三自革新宣言。這個(gè)宣言指出中國基督教必須實(shí)行自治、自養(yǎng)、自傳，認(rèn)識(shí)帝國主義利用基督教的事實(shí)，肅清基督教內(nèi)部的帝國主義影響，實(shí)現(xiàn)自力更生的目標(biāo)，為建設(shè)新中國而努力。三自革新運(yùn)動(dòng)得到了全國基督徒的熱烈響應(yīng)。1954年7月22日至８月６日在北京舉行中國基督教全國會(huì)議，正式成立了以吳耀宗為主席的中國基督教三自愛國運(yùn)動(dòng)委員會(huì)，領(lǐng)導(dǎo)全國基督教信徒開展三自愛國運(yùn)動(dòng)。
1955年4月25日至29日，上海市基督教舉行了第一屆代表會(huì)議，會(huì)上成立了上海市基督教三自愛國運(yùn)動(dòng)委員會(huì)，陳見真當(dāng)選為第一屆三自主席。
1958年，在大躍進(jìn)的形勢下，教堂聚會(huì)的人數(shù)減少、奉獻(xiàn)收入下降，不少傳道人無事可做，從當(dāng)時(shí)實(shí)際情況出發(fā)，全市教堂、聚會(huì)點(diǎn)由208所合并為２3所，實(shí)行聯(lián)合禮拜，大部分教職人員轉(zhuǎn)業(yè)退休，只留下74位教職人員繼續(xù)參與教會(huì)工作。聯(lián)合禮拜對(duì)不同的信仰觀點(diǎn)和禮儀實(shí)行互相尊重，改變了宗派林立的局面。
1966年至1978年 “文化大革命”期間，黨的宗教信仰自由政策遭到嚴(yán)重破壞，所有教堂關(guān)閉，宗教活動(dòng)停止。
1978年中共十一屆三中全會(huì)后，全面落實(shí)了宗教信仰自由政策，受迫害的宗教界教職人員得到平反，恢復(fù)了名譽(yù)。1979年9月全市率先恢復(fù)了沐恩堂、清心堂、滬北會(huì)堂的宗教活動(dòng)。1981年在上海市基督教第四屆代表會(huì)議上成立了上海市基督教教務(wù)委員會(huì)。該會(huì)與市基督教三自愛國運(yùn)動(dòng)委員會(huì)合稱為市基督教兩會(huì)。此后數(shù)年中，全市的教堂陸續(xù)修復(fù)開放，市區(qū)各區(qū)先后召開了基督教代表會(huì)議，相繼成立了區(qū)基督教三自愛國運(yùn)動(dòng)委員會(huì)和區(qū)堂務(wù)委員會(huì)（簡稱區(qū)基督教兩會(huì)）。上世紀(jì)80年代初起，上海市基督教兩會(huì)編印出版了各類宗教書籍，出售《圣經(jīng)》、《新編贊美詩》等，還經(jīng)常對(duì)教職人員進(jìn)行三自愛國教育。自1985年4省1市在上海開辦華東神學(xué)院以來，至今已為華東地區(qū)培養(yǎng)出數(shù)百名神學(xué)畢業(yè)生。
上海市基督教兩會(huì)已開設(shè)了在滬外國人英語、韓語專場禮拜，為來上海工作生活的外籍人士提供宗教服務(wù)。
1978年以后，中國教會(huì)恢復(fù)了與世界各國教會(huì)組織的友好交往，加強(qiáng)與各國教會(huì)的聯(lián)系，基督教界與國外的交往逐漸增多。通過教會(huì)組團(tuán)出訪，向海外介紹中國基督教的現(xiàn)狀，宣傳宗教信仰自由政策，并了解基督教在世界各地的發(fā)展?fàn)顩r。來訪的及上海教職人員出訪的國家有美國、英國、德國、意大利、瑞典、挪威、芬蘭、捷克斯洛伐克、澳大利亞、日本、菲律賓、南非、肯尼亞等，以及香港、澳門、臺(tái)灣等地區(qū)。
上?；浇探鐭嵝姆?wù)社會(huì)公益事業(yè)和賑災(zāi)助學(xué)等慈善活動(dòng)。2008年汶川大地震后，市基督教兩會(huì)組織發(fā)動(dòng)全市信徒募集愛心捐款共計(jì)600余萬元。
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